Intanto in Europa, padre Janssen, rettore dell’istituto di Steyl, si prodigava per avere un territorio in Cina affidato ai missionari verbiti. Dopo molte negoziazioni coi francescani e il Vaticano, gli venne affidato un territorio nel Sud Shantung dove fino ad allora avevano operato i francescani italiani. Era un territorio enorme, in gran parte a sud del fiume Giallo. Comprendeva tre prefetture civili e circa 9 milioni di abitanti. Era attraversato dal fiume Giallo, dal lungo canale imperiale e da altri fiumi, in gran parte navigabili. I cattolici però erano poco più di 150 e confinati nel villaggio e dintorni di Puoli al confine occidentale del Sud Shantung. Padre Freinademetz raggiunse quel territorio dopo 32 giorni di viaggio in mare e sul fiume Giallo, arrivando a Tsinanfu, capitale dello Shantung, il 15 luglio 1881. Qui risiedeva il vicario apostolico francescano Egidio Cosi, che gentilmente ospitò i due nuovi missionari per nove mesi prima di affidar loro la parte meridionale della sua missione. Durante la loro permanenza nella sede vescovile, Anzer e Freinademetz ricevettero il passaporto francese, impararono i rudimenti della lingua del luogo, e padre Anzer venne nominato Pro-Vicario Apostolico. Nel gennaio 1882 si trasferirono nella missione loro affidata. La sede centrale si trovava allora a Puoli.
Per vent’anni Padre Freinademetz lavorò alla dipendenza di Padre Anzer che fece di lui un missionario itinerante, un vero battistrada, mandandolo ad esplorare e a fondare comunità cristiane in tutto quel vasto territorio. Queste comunità venivano poi affidate ai catechisti, che Freinademetz stesso si veniva formando nella scuola eretta a Puoli. A poco a poco erano arrivati anche altri missionari dalla Germania. Nel 1884 il provicario Anzer si recò in Europa affidando a Freinademetz l’amministrazione del provicariato. Sarebbe ritornato soltanto due anni dopo, dopo essere stato ordinato vescovo e nominato Vicario Apostolico del Sud Shantung. Al suo ritorno Freinademetz venne nominato Pro-Vicario ma sempre dipendente da Anzer, che era anche capo della missione verbita.
Nel frattempo, in Europa, la Società del Verbo Divino era diventata una congregazione a tutti gli effetti. Il fondatore era ora il superiore generale, coadiuvato dal suo consiglio. Il vescovo Anzer fungeva ora da superiore provinciale del Sud Shantung. Nel 1886 i primi membri della società, tra i quali anche Freinademetz, vennero ammessi ai voti perpetui. Nel vicariato il numero dei cattolici cresceva e con esso anche il lavoro e le responsabilità. La sede episcopale era ora nella città di Yenchowfu mentre P. Freinademetz si tratteneva soprattutto nella città di Tsining. Queste due città erano maggiormente al centro del Vicariato.
A tutto questo si aggiungeva lo sforzo della Germania di scambiare il protettorato francese della missione con quello tedesco. A tal fine, il vescovo Anzer era partito di nuovo per l’Europa nell’agosto 1890 per poi fare ritorno solo nel mese di giugno dell’anno seguente. Lo scambio venne formalizzato e i missionari ricevettero il passaporto tedesco. Questo fatto aveva però insospettito ulteriormente il governo ed i mandarini cinesi, timorosi che il loro territorio venisse occupato dai tedeschi. Vi furono vari gesti di ostilità nei confronti dei missionari, che culminarono nell’uccisione di due giovani missionari tedeschi nel novembre 1897. Tale assassinio diede occasione al governo tedesco di occupare la grande baia di Kiaochow nella provincia dello Shantung e di insediarvi una base navale militare tedesca permanente. La provincia dello Shantung stava per diventare un protettorato tedesco. Assieme ai militari cominciarono ad arrivare anche coloni civili tedeschi.
Quando erano accaduti quegli eventi, Padre Freinademetz era di nuovo amministratore del Vicariato, dato che il vescovo Anzer era partito per l’Europa nell’agosto 1897. Non sarebbe ritornato che nel mese di maggio dell’anno seguente. Furono quelli dei mesi terribili per l’amministratore già fisicamente molto provato. Pur non approvando nel suo cuore l’occupazione militare tedesca, dovette negoziare un risarcimento dei danni da parte del governo cinese e dei mandarini, e recarsi a Pechino per presentare le richieste di indennizzo assieme all’ambasciatore tedesco. Le sue riserve però a riguardo dell’occupazione militare tedesca non erano sfuggite ai sostenitori del protettorato tedesco dello Shantung.
La situazione dei missionari stava diventando sempre più pericolosa. L’odio verso gli stranieri era cresciuto dopo l’occupazione militare e il cattivo comportamento degli occupanti stranieri. Si stava organizzando quella che sarebbe poi stata chiamata la ‘setta dei grandi coltelli’ o ‘la rivolta dei boxer’. Le stazioni missionarie cominciarono ad essere attaccate e saccheggiate e i missionari e catechisti picchiati. Anche i semplici cristiani venivano cacciati dalle loro case. Nel marzo 1899 Padre Freinademetz venne aggredito e severamente picchiato nel circondario di Tsimo. Il governatore tedesco diede ordine ai missionari di abbandonare le missioni dell’interno e di trovar rifugio nelle più sicure regioni costiere. Padre Freinademetz però, con pochi altri, rimasero al loro posto.